Агентлаг нь дор дурдсан үйл ажиллагааны тэргүүлэх чиглэлтэй ажиллана:

• Монгол Улсын хэмжээнд ус цаг уур, байгаль орчны төлөв байдал, чанарын хяналт шинжилгээг зохион байгуулж, хэрэглэгчийг мэдээллээр шуурхай хангах, ус, цаг агаарын аюултай үзэгдлийн улмаас үүсч болзошгүй гамшгийн эрсдэлээс эртнээс сэрэмжлүүлэх;
• Ус цаг уур, орчны хяналт шинжилгээний улсын сүлжээг нэгдсэн удирдлага, нэгдмэл арга зүйгээр хангах, өргөжүүлэх, чадавхийг бэхжүүлэх;
• Ус цаг уур, байгаль орчны чанарын хяналт шинжилгээний улсын сүлжээний үйл ажиллагааг тасралтгүй явуулж, мэдээлэл цуглуулах, түүнийг хэрэглэгчдэд шуурхай хүргэх техникийн найдвартай ажиллагааг хангах, техник технологийн байнгын шинэчлэл хийх;
• Ус, цаг уур, байгаль орчны архив, мэдээллийн нэгдсэн сан үүсгэх ажлыг удирдан зохион байгуулах, хэрэглэгчдийг мэдээллээр үйлчлэх.